Контрольно-счетная палата муниципального образования «Баяндаевский район» создана на основании решения Думы муниципального образования «Баяндаевский район» от 03.02.2006г. №14/5 «О Контрольно-счетной палате муниципального образования «Баяндаевский район» в соответствии с Бюджетным кодексом Российской Федерации, Федеральным законом от 06.10.2003г. «131-ФЗ «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации», размещается в здании администрации МО «Баяндаевский район» по адресу: 669120, Иркутская область, Баяндаевский район, с. Баяндай, ул. Бутунаева, 2.
При создании Контрольно-счетная палата входила в состав администрации муниципального образования «Баяндаевский район» в количестве одного аудитора, имела следующее наименование: Контрольно-счетная палата администрации муниципального образования «Баяндаевский район».
С 10 ноября 2008 года в структуру Контрольно-счетной палаты на основании распоряжения главы администрации муниципального образования «Баяндаевский район» №54 от 10.11.2008г. вводится единица специалиста 1 категории.
19 ноября 2009 года Контрольно-счетная палата муниципального образования «Баяндаевский район» зарегистрирована в качестве юридического лица, учредителем является Дума муниципального образования «Баяндаевский район». С наделением правами юридического лица Контрольно-счетная палата стала обладать организационной и функциональной независимостью, осуществляет свою деятельность самостоятельно, а также обладает правом правотворческой инициативы по вопросам своей деятельности.
В соответствии с Федеральным законом от 07.02.2011 года №6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований», решением Думы муниципального образования «Баяндаевский район» от 04 октября 2011 года №21/5 утверждено Положение о Контрольно-счетной палате муниципального образования «Баяндаевский район» в новой редакции, в котором изложено новое наименование «Муниципальное казенное учреждение Контрольно-счетная палата муниципального образования «Баяндаевский район», краткое наименование: МКУ КСП МО «Баяндаевский район», также в соответствии с новым Положением Контрольно-счетная палата формируется в составе председателя и двух инспекторов.
Решением Думы МО «Баяндаевский район» от 29 октября 2021 года №21/3 внесены изменения в Положение о Контрольно-счетной палате муниципального образования «Баяндаевский район» в соответствии с которым новое полное наименование организации: «Контрольно-счетная палата муниципального образования «Баяндаевский район», краткое наименование: КСП МО «Баяндаевский район».